MirrorSyncでは、同期するデータベースは同一でなくてはいけませんか？

いいえ、その必要はありません。

• まったく異なるテーブルやフィールドのデータベース間で同期できます。（MirrorSync 2以降）
• レコード、フィールド、テーブルのサブセットだけでの同期も可能です。
• たとえばモバイル専用のファイルとそれよりも大規模なサーバのデータベースというように異なるデータベースを同期する場合は、「オフライン用の別のファイルと同期」（FileMaker Go/Pro向け）または「他のサーバのファイルと同期」（サーバー間同期向け）のオプションを選択します。このオプションを選択すると、シンプルなドラッグ＆ドロップのインターフェイスで、レイアウトとフィールド名を合わせていくことができます。

原文：Does MirrorSync need the databases being synced to be identical? http://docs.360works.com/index.php/MirrorSync_advanced_topics#Does_MirrorSync_need_the_databases_being_synced_to_be_identical.3F